確定申告が間違っていた時の修正申告延滞税について

この春に派遣切りになり、市役所に国民年金の免除の手続きに行きました。その際、母の所得の申告手続きをしたら、税務担当の方に「お母さんを扶養に入れてないから、過去５年分の申告をしたら、税金の還付があるのでした方がいいですよ」と言われました。
言われる通り、税務署で手続きを済ませ、先月入金も確認しました。
ところが先日「平成１６年度の母の所得が３８万円を超えている為付与控除は適用しない」と言う書面と、修正申告書、振込用紙が税務署から届きました。
単純に貰ったものを返せばいいのかと思ったのですが、書面には「確定申告期限、平成２１年３月１６日から納付するまでの延滞税がかかります」と書かれていました。
申告をしたのは１０月で、最初から申告期限を過ぎています。
それに税金を納めていなかったわけではなく、扶養控除の申告をしたのが間違っていたからすぐ返金するのに、なぜ、３月からの延滞税になるのでしょうか？
元々、税金を払っていなかったわけではないのに、何に対しての延滞税
かもわかりません。
税務署に確認したら自己申告なので、間違った人が悪いと言われ、市役所の税務担当の方に問い合わせると「こちらが５年前までちゃんと確認していなかったんでしょうね。すみません。でもこの前手続きしたのに延滞税なんて聞いた事ないですね」と言われました。

延滞税、払わないといけないのでしょうか？

No.1 ベストアンサー 回答者： hata79 回答日時： 2009/12/17 23:17

平成16年分の還付申告書を提出した日の翌日から、その修正申告により追納する本税額を納めた日まで延滞税がかかります。

平成16年の還付申告書を提出した日の翌日から還付金が支払決定される日まで還付加算金がつきます。
その代わりに修正申告をして納める税金が出た場合には還付申告書を提出した日の翌日から延滞税が計算されます。

お手元にある案内で3月16日から延滞税がつくとされてますが、それは16年の還付申告書の提出が期限後の場合の案内ではないと存じます。失礼ですが今一度丁寧に確認されると良いと思います。

16年の法定申告期限は17年3月15日ですから、本来修正申告による本税の延滞税計算の始期は平成17年3月16日です。
しかし期限後に還付申告書を出した人がその後修正申告をして納める税金が出た場合には、還付申告書の提出があった日の翌日から延滞税が計算されます。
税法的に正確に表現すると「法定納期限の翌日から還付のための還付申告書の提出がされた日までの期間は延滞税を計算する日数から除算する」です。

というわけで、実際には延滞税がつくのは還付申告書提出の翌日から実際に納付する日までです。

修正申告書を提出した日から2ヶ月後までは延滞税率が４，５％（年）です。この税率は特例税率です。
その日を過ぎると延滞税率は原則に戻り年１４，６％になります。

修正申告で納めるべき税額が不明ですが、仮に38,000円だとします。

当初の還付申告書を提出した日の翌日から納付をする日までの日数計算をしてください。
納める日が修正申告書を出した日より2ヶ月以内なら、次の計算式で算出できます。

A　30,000円×４，５％×日数÷365日
この式で出た金額が1,000円未満なら延滞税を納める義務がありません（少額不徴収という規定です）

ちなみに還付加算金の計算も上の式と同様にされてます。
還付加算金も1,000円未満だと少額不加算という規定でつきません。

還してもらうときに還付加算金が千円未満なので不加算だったのに、納めるときは延滞税額が千円以上なので納税義務が出るという場合もありえます。

なお、修正申告書を提出した日から2ヶ月後の日を過ぎた日に本税を納付する場合は、上記の計算式に2ヶ月を過ぎた日の翌日から納付の日までの延滞税額を足して出た額が延滞税になります。

式のまとめです。

B　30,000円×４，５％×（還付申告書提出の日の翌日から修正申告書を提出した日の2ヵ月後までの日数）÷３６５

C　30,000円×１４，６％×（修正申告書を提出した日から2ヵ月後の日から実際の納付の日）割る365日

BとCを足した額の100円未満の額を切り捨てた額が延滞税額になります。

修正申告書を提出した日から2ヶ月以内に納付した場合の延滞税の計算は、上記のAです。

この回答へのお礼

hata79様、丁寧なご解答ありがとうございます。

申告は１０月９日に行い入金された額が「30,320円」、税務署からの修正申告は１２月１６日に「30,300円」で届きました。
同封の書面には「平成１６年分所得税の修正申告と納税について」と言う標記で、「納付すべき本税の額には国税通則法第６０条に基づき、確定申告期限（平成２１年３月１６日）の翌日から納付するまでの延滞税がかかります。と書かれています。
延滞税率は納期限の２月までが7.3％、２月を経過した日以降は14.6％と書かれていました。
書面に書かれている税務署の担当者に確認をしたら、「３月１７日からの延滞税なのでほぼ１年近くかかりますね。自己申告で間違われたのですから仕方ないです」と言われました。
正式な延滞税は計算するのでまた電話を、と言われて折り返していません。
とりあえず、本税の「30,300円」だけは本日入金してきました。

hata79さんの解答を見ると、延滞税も納得できます。
税務署の担当の方は一方的で相談できそうにないので、他の方と話をした方がいいでしょうか。。

どちらにしても、とても気が楽になりました。
ありがとうございました。

お礼日時：2009/12/18 00:05

No.2 回答者： fwyokota 回答日時： 2009/12/18 00:51

地方税の申告を行った故に

国税は母の所得を把握できないのに
なぜ指摘をしないのか、
平成１６年分の所得だけを指摘したのか、
整合性が取れない。