アパートの売却に際しての消費税の課税かどうか

一棟建ての中古アパートの大家です。
毎月の住居人の皆さんからの家賃収入は、居住用の物件でありますから確定申告に際しましては
非課税の売り上げとして消費税の申告を行っています。
　このたび平成29年度に、この物件を売却することになりまして、宅建業者に売買契約書を
作成してもらいました。
ところが、底地の売却金額に対しては非課税の扱いをされていますが、
建物については消費税の計算して売却金額に上乗せするものを
呈示してこられました。

私からは、全室居住用の建物であることから、非課税の売上になるのではないかと問いましたが、
業者は、建物であれば、一律に消費税が課税されるのですと言います。
　家賃収入では非課税であると税務署から指導を受けているのにもかかわらず、
全室居住用の建物それ自体を売却したら、課税だという論法がどうにも合点いきません。

　どのように理解すればよろしいのでしょうか？
宅建業者の見解は正しいのでしょうか？

No.1 回答者： mukaiyama 回答日時： 2017/05/15 10:07

＞私からは、全室居住用の建物であることから、非課税の売上に…

そんな決め事はありません。
建物の売買はどんな建物であっても課税取引です。
たとえば賃貸物件でなく一個人が自分の家を買うだけでも、消費税はかかります。

＞全室居住用の建物それ自体を売却したら、課税だという論法がどうにも…

不動産所得と譲渡所得は別物です。
http://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/1300.htm

不動産所得のうち住宅の賃貸にかかる部分のみ、および譲渡所得のうち土地に関する部分のみが非課税とされているだけです。
味噌もくそも一緒にしてはいけません。
http://www.nta.go.jp/taxanswer/shohi/6201.htm

税金について詳しくは、国税庁の『タックスアンサー』をどうぞ。
http://www.nta.go.jp/taxanswer/index2.htm