Rf値についてですが、アミノ酸の塩基性のものに酸性の溶媒を使うと、RF値は大きくなるんですか?他にアミノ酸とRf値についての関係はないんですか?

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A 回答 (1件)

回答が付かないようですね。



何の Rf 値でしょうか。アミノ酸ですから,ペ-パ-クロマトか薄層クロマトだと思いますが。これらのクロマトにおいて一般論を言いますと,極性の高い化合物ほど小さな Rf 値を持ちます。

塩基性アミノ酸に酸性溶媒を使うと,塩基性部分がプロトン化されてカチオンになるため,極性は高くなります。したがって,Rf 値は小さくなります。

同様に,酸性アミノ酸に塩基性溶媒を使うと,酸性部の脱プロトン化によって極性が高くなるため,Rf 値が小さくなります。

この様に考えられますが,この辺りは使う溶媒によっても変わってくる所がありますので,必ずそうだとは言えません。

鈴木郁生 著「薄層クロマトグラフィ-の実際」(廣川書店)にアミノ酸の実際例がのっていますので,参考にしてみてください。
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ある本にN値による軟弱地盤の判定
ってあったのですが、粘性土はN値4以下、砂質土はN値10以下が軟弱地盤とあったんですが、どうして粘性土と砂質土では、数値(N=4、10)が違うのですか?同じN値でも土質によってN値の評価が違うのですか?教えて下さい。

Aベストアンサー

 N値から離れて、しばらく経つので、以下は予想です。

 まず同じ土質なら、N値が低いほど軟弱、これは良いですよね?。次にN値って何だったかと言うと、簡単に言えば、鋼管を地面に垂直に立てておいて、パイルドライバー(←だったっけ?)で杭頭を何回ぶっ叩いたら、鋼管が一定量地盤に貫入するかの回数だったと思います。この際、地盤の主な抵抗は、圧縮作用によるものと思われます。

 粘性地盤を基準に取ります。砂質土は粘性地盤より脆いはずなので、貫入試験で砂質土のN値が、粘性地盤を上回ったとしても、主に圧縮抵抗を測っているだけだとすれば、叩いた回数はそのまま信用できません。その辺りが、土質別のN値評価に関わりそうです。

>同じN値でも土質によってN値の評価が違うの・・・?

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 調べてみて下さい。

Qαアミノ酸は、、βアミノ酸はある?

よろしくお願いします。

αグルコースとβグルコースは一位の位置のOHの違いで
すがアミノ酸の場合はαばかりで全然βアミノ酸と出会いません。
βアミノ酸は存在するのでしょうか?するとすればどんな構造で
何故こんなに影が薄いのでしょうか?
ご教授ください

Aベストアンサー

ちと Wikipedia で調べたけど, 「βアラニン」は必須だそうです. 「パントテン酸」として, あるいは「補酵素A」という形で体内に存在します.
ちなみにその先の γアミノ酸では GABA (gammaaminobutyric acid) がメジャーでしょうか.
グリシン→βアラニン→GABA と, アミノ基とカルボキシ基が 1つずつ離れているのがおもしろいかも.

Q戸建て判断 ボーリング結果のN値の見方

木造二階建て住宅の建築(ベタ基礎)を予定しております。

1年前まで水田で現在は盛土2メートルの造成がされています。
地盤が気になるので、契約前に周辺のボーリング結果を見せてもらいました。

地下2mまで粘土混じり砂礫 N値3
2m~3m  砂       N値11
3m~7m  砂混じりシルト N値1~3
7m~8m  砂礫  N値40
8m~15m  礫混じり砂  N値11~40
15m~16m シルト  N値11
16m~18m 砂       N値18~35
18m~19m シルト     N値8
19m~20m 砂       N値22

地下水位2m

以上ですが、何分素人な物で地盤が弱いのだろうな・・くらいしか分かりません。
これに適した地盤改良は何でしょうか?
施工業者は、地盤改良の必要は無い、との判断なので不安になります。

よろしくお願い致します。

Aベストアンサー

ANo.5です。「この回答への補足」欄に疑問点が書かれていましたが、返答が遅くなり申し訳ありません。

「10センチ以内程度」と書いたのは3~4センチかもしれないし7~8センチくらいかもしれないということで、最大10センチ見ておけば良いのではないかと言うことです。
地盤改良等を何もせずに建て、仮に10センチ沈下すると想定した場合、建物も均等に10センチ沈めばあまり問題は起こらないのですが、たいていの場合は不同沈下し傾くことが多いようです。
傾き量は建物の重さがどの程度偏りがあるか、敷地内で地盤がどのようにどの程度不均一なのかによって違うようで予測は難しく、10センチ以内で傾くとしか言いようがありません。

傾いた場合は建て替えをせず、傾きを修正する工事をすることになります。
実際に私が担当したことがあるのは、傾いてはいるがこれ以上沈下する確率が少ないと判断して、基礎はそのままにして土台をジャッキアップして修正し、土台と基礎の間にスペーサーを入れた工事。
杭打ちをしているのに支持層まで達しておらずに傾き、杭頭にジャッキを掛けて基礎から持ち上げ(この場合建物の自重で元の杭を支持層まで押し込みます。)足りなくなった杭長分を鋼管杭で足して修正した工事です。
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地盤の保証は10年を超えて行うことはないのではないでしょうか。
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ANo.5です。「この回答への補足」欄に疑問点が書かれていましたが、返答が遅くなり申し訳ありません。

「10センチ以内程度」と書いたのは3~4センチかもしれないし7~8センチくらいかもしれないということで、最大10センチ見ておけば良いのではないかと言うことです。
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Q塩基配列・アミノ酸配列を同時表示できるツール?

プライマー設計する時などに、
塩基配列とアミノ酸配列を上下に並行してアラインメントした資料があると便利なのですが(参考画像、文章末に説明有)、
塩基配列を入力するだけで自動でそのようなファイルを作製できるツール(PCソフト・ウェブツールなど)などありませんでしょうか?

また、
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・プリントアウト
などの機能付きだと、なお助かります。

現状、そのような資料を手打ちですべて作製しています。

ご存じの方おられましたら、
ご教示いただくことできないでしょうか?
よろしくお願いいたします。


(添付した参考画像)
目的遺伝子(仮)のDNA配列の下に、
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テキストファイルに打ち込んだもの。
・100塩基毎に改行
・イントロン →グレー、エキソン →ブラック
・プライマー →アンダーライン+イタリック
など手を加えています。

Aベストアンサー

回答がないので、しゃしゃり出てきました。
多分探してもぴったりのものは難しいと思います。

こんな場合は作ってしまうのが早いと思います。頭の体操のつもりでちょっとやってみました。
Rubyという言語です。もしMacをお使いでしたら、bioと言うライブラリを追加すれば動きます。
sudo gem install bio
で追加できます。Windowsの場合はRubyとrubygemsをインストールしたあとにbioを追加してください。

文字の修飾なしですが出力はほぼ同じ形式になります。文字の修飾は手でやるか、rtfというライブラリを使うとわりと簡単にできます。

参考まで

require 'rubygems'
require 'bio'

primer_seq="CCGTTCAGAG"
primer_name="primer-1"
na_seq="AATCTTAGAATAAAAAATGGGTACCGTTCAGAGACCTTTAGAGATTGCAAGGCATCACAGATGATAAAAAGCTCCATCTCTAGACGTGTTCAGGAGTGGGTTGGGGCTTTGACCTTGACTAGCTGCATCAACTTGGACAAGTCACTTCGCTTCCCTGTGCCTCAGTTTCCTCATCCATAT"

abort unless primer_pos=/#{primer_seq}/=~na_seq
exon_pos=primer_pos+primer_seq.length
exon=Bio::Sequence::NA.new(na_seq[exon_pos..-1])
aa_seq=exon.translate
# 出力
aa_str=" "*exon_pos+aa_seq.scan(/./).collect{|aa| "#{aa} "}.join
primer_str=" "*primer_pos+primer_name
primer_str=primer_str+" "*(na_seq.length-primer_str.length)
na_seq.scan(/.{1,100}/).zip(primer_str.scan(/.{1,100}/), aa_str.scan(/.{1,100}/)) do |ns, ps, as|
puts ps
puts ns
puts as
end

回答がないので、しゃしゃり出てきました。
多分探してもぴったりのものは難しいと思います。

こんな場合は作ってしまうのが早いと思います。頭の体操のつもりでちょっとやってみました。
Rubyという言語です。もしMacをお使いでしたら、bioと言うライブラリを追加すれば動きます。
sudo gem install bio
で追加できます。Windowsの場合はRubyとrubygemsをインストールしたあとにbioを追加してください。

文字の修飾なしですが出力はほぼ同じ形式になります。文字の修飾は手でやるか、rtfというライブラリを使う...続きを読む

QN値と換算N値

N値と換算N値では、どのように違うのでしょうか?

Aベストアンサー

N値は「標準貫入試験」という地盤調査を行って得られる値で、今ではもっとも標準的な地盤の強さを表す指標となっています。
換算N値は、それより簡略な地盤調査で得られる指標を、N値に換算したものです。標準貫入試験に比べて誤差が大きく、よくつかわれる「スウェーデン式サウンディング」では、2倍ぐらい誤差がある(値半分)と思ったほうがよいです。

N値を地盤の耐力に換算する式としては、建築基準法の告示H13年第1113号の式が標準的につかわれます。
http://www2.ashitech.ac.jp/arch/osakabe/semi/foundation/low/r93k1113.html

Qヒストンの塩基性アミノ酸について

ヒストンは、アルギニンやリジンが多く含まれているようですが、どうしてヒスチジンは、少ないのでしょうか? 塩基性以外にアミノ酸のサイズなどもヒストンの機能に影響するのでしょうか?

また、ヒドロキシル基を含むアミノ酸は、よくリン酸化されますが、酵素や場所によって、S、T、Yの割合が違うのは、何か機能に影響しているのでしょうか?

ご存知の方がいらしたら、回答お願いします。

Aベストアンサー

なぜ少ないのかについてはわかりませんが、

機能については、
少なくともウイルスのDNAヘリケースでpurine nucleotide-binding site中のリジンをヒスチジンに換えるとヘリケース活性がなくなるそうですし、
http://www.jbc.org/cgi/content/abstract/278/36/34011

p53のDNA結合領域内での変異体、A273H体は
X-junctionとの結合能が減少しますので、
http://www.jbc.org/cgi/content/full/277/35/31980

おそらくヒストンでも全ての塩基性アミノ酸について、
塩基性アミノ酸同士であれば置換できるというわけではないと思います。
ヒストンのアセチル化、メチル化などに関する酵素の基質特異性もアミノ酸置換により変わるでしょうし。


二番目の質問についても同様に、
中には置換しても機能するものもあるようですが、
フォスファターゼ、キナーゼの基質特異性によるリン酸化の調節と、
アミノ酸自体の構造の両方で機能に影響がでるのではないでしょうか。

http://www.nature.com/nsmb/journal/v8/n2/full/nsb0201_176.html
http://molpharm.aspetjournals.org/cgi/content/full/55/5/795

個々の酵素のアミノ酸置換体とその作用を探すのでしたら、
酵素名+"Ser to Thr"などで検索すればたくさん出てきます。

なぜ少ないのかについてはわかりませんが、

機能については、
少なくともウイルスのDNAヘリケースでpurine nucleotide-binding site中のリジンをヒスチジンに換えるとヘリケース活性がなくなるそうですし、
http://www.jbc.org/cgi/content/abstract/278/36/34011

p53のDNA結合領域内での変異体、A273H体は
X-junctionとの結合能が減少しますので、
http://www.jbc.org/cgi/content/full/277/35/31980

おそらくヒストンでも全ての塩基性アミノ酸について、
塩基性アミノ酸同士であれば置換できると...続きを読む

Q数学の問題です。 A=4n+6/n-3の値が整数となるような整数nの最大値を求めよ。また、Aの最大値

数学の問題です。

A=4n+6/n-3の値が整数となるような整数nの最大値を求めよ。また、Aの最大値も求めよ。

解説お願いしたいです。。

Aベストアンサー

A=(4n+6)/(n-3)とのことですので、先ほどの修正含め説明します。
nに注目すると4nをnで割るので、
(4n+6)=4(n-3)+18と変形します。
つまり、4余り18と表現できます。

Aが整数となるので、18はn-3の倍数です。
18の約数は1,2,3,6,9,18です。
n-3はこれら6個に±を付けた12個に絞られます。

よってnが最大となるのは18+3で21です。

また、Aが最大となるのは18/(n-3)が最大となる時なので、n-3=1
よってn=4
この時A=22/1=22です。

Q塩基配列とアミノ酸配列について

大腸菌から単離したDNA断片の片方の鎖の構図は下のようであった。
5'-GTAGCCTACCCATAGG-3'
このDNA鎖の相補鎖を鋳型として転写したmRNAの塩基配列を書きなさい。5'および3'の方向性も必ず記入しなさい。
↑この答えはTをUに変えて、
5'-GUAGCCUACCCAUAGG-3'で正しいですか?

また、上記で転写されたmRNAの5'末端から翻訳が開始するとすれば、生じるペプチドのアミノ酸配列を書きなさい。N末端およびC末端を記入すること。
↑この答は、
N-バリン、アラニン、チロシン、プロリン、チロシン-C
らしいのですが、どうやって解くかわかりません。どなたか教えてください。

Aベストアンサー

>5'-GUAGCCUACCCAUAGG-3'で正しいですか?
正しいです。

>N-バリン、アラニン、チロシン、プロリン、チロシン-C
AUGでない配列から転写が開始されるというおかしな設定に戸惑っているのか、コドンを知らないのかのどちらかでしょうか?
前者であれば、問題の作成者の意図していることを汲み取ってあげてください。
後者であれば、この問題を解くのは無理です。教科書を読み直しましょう。

アミノ酸は3つの塩基でコードされています。これは、(4種の塩基)^3つの塩基=64種類の組み合わせになり、それらが何のアミノ酸に対応しているかは、コドン表と呼ばれる表にまとめられています。
この場合は、塩基を3つづつ区切ると、
GUA GCC UAC CCA UAG G
となり、最後のG1個だけではアミノ酸はコードされません(後ろに塩基配列が続けばアミノ酸になります)
後は、コドン表で3個セットの塩基5組がどのアミノ酸に対応するかを見ていくだけです。

Q(1+(1/n))^nの極限でeの値を求める

lim_n→∞ (1+(1/n))^nのとき値がeに近づいていくということは知っていますが、(1+(1/n))^nを計算機に入力し、nの値をだんだん大きくしていくと(1+(1/n))^nがeより大きくなってしまいます。

何故このようなことが起こっているのか詳しく説明してくれる方いませんか?

Aベストアンサー

大きくなる原因をより詳しく言うと
2進数で表現すると n=10^p に対する 1+1/n の値は正確に表現できず, 常に 0.5 ulp 程度の誤差は考えられる. IEEE754 の倍精度実数であれば 2^-53 程度. つまり, もとから (1+1/n)^n の真の値を計算しているわけじゃなくて (1+1/n+ε)^n の計算をしている (手元計算機における ε は絶対値でだいたい 10^-16 くらい).
この ε の存在は n が小さいときには ((1+1/n)^n の値が e から離れているので) 無視できるが, n が大きくなると無視できなくなる. で, n=10^9 のときに破綻した, と.
実際, n を 2 のべきにすると p=52 まできちんと計算していくはずです.

QDNA塩基配列から推定されるアミノ酸配列を答えよという問題なのですが分かりません。

ある遺伝子のコード領域内の部分DNA塩基配列を示す。この配列から推定されるアミノ酸配列をすべて答えよ、という問題です。
与えられた配列は以下の通りです。
(配列)5’---ATTGCATTACACAT---3'

下にコドン表が示されてます。

私の考えでは

5’---ATTGCATTACACAT---3'
は非鋳型鎖だと思うので鋳型鎖にして

3’---TAACGTAATGTGTA---5'

これを転写させる

5’---AUUGCAUUACACAU---3'

そして3つで一つのアミノ酸を指定するというので切り方は3通りあると考えました。
AUU/GCA/UUA/CAC/AU --(1)

AU/UGC/AUU/ACA/CAU --(2)

A/UUG/CAU/UAC/ACA/U --(3)

それぞれコドン表に合わせて
(1)では Ile/Ala/Leu/His
(2)では Cys/Ile/Thr/His
(3)では Leu/His/Tyr/Thr
というようにしたのですが合ってるんでしょうか?ほぼ独学なので見逃してる点もしくは間違っている点などご指摘ください。

また、この塩基配列にはなかったのですが
開始コドン(AUG)や終止コドン(UAA,UAG,UGA)が配列にあったなら答えはどうなるんでしょうか?

たとえばAUAUGCAUUGACACAUとします。
AU/AUG/CAU/UGA/CAC/AU
この切り方だと翻訳はAUGからUGAでとまるのでUGA以下のCACは無視するのでしょうか?
つまり、この場合はアミノ酸配列はMet/Hisだけってことですか?

ある遺伝子のコード領域内の部分DNA塩基配列を示す。この配列から推定されるアミノ酸配列をすべて答えよ、という問題です。
与えられた配列は以下の通りです。
(配列)5’---ATTGCATTACACAT---3'

下にコドン表が示されてます。

私の考えでは

5’---ATTGCATTACACAT---3'
は非鋳型鎖だと思うので鋳型鎖にして

3’---TAACGTAATGTGTA---5'

これを転写させる

5’---AUUGCAUUACACAU---3'

そして3つで一つのアミノ酸を指定するというので切り方は3通りあると考えました。
AUU/GCA/UUA/CA...続きを読む

Aベストアンサー

おそらくその考え方と解答で間違いないと思います。

ただし開始コドンと終始コドンが含まれている場合については訂正を。
まず開始コドンは常にメチオニンのコドンですが,メチオニンのコドンが必ずしも開始コドンとは限りません。タンパク質の途中にメチオニンが必要な場合もあり,その場合は開始位置でなくても "AUG" コドンが出てきます。
次に終始コドンがある読み枠にあったとすると,「コード領域内」という設問に反するため,その読み枠は考慮しなくて好いことになるかと思います。

もっとも,出題者が本当にそういうつもりかどうかまではわかりませんが。


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