個人事業の従業員の年末調整、還付について

はじめて従業員の年末調整というものをします。疑問や分からない事があったので、どなたか教えてください。
個人事業主としてお店を経営しております。従業員が一人おります。（私の家族ではありません）
毎月、従業員の給与から源泉（7,820円）し、納付しています。
給与所得者の扶養控除等申告書、保険料控除申告書…を提出してもらい、生命保険等の計算を何とか完了したところ、今回還付する金額が3万ほどになりました。
ここで、疑問なのですが、、、
毎月、従業員の給与から所得税を徴収し納付していますが、還付の金額（3万）をなぜお店が支払わないとならないのでしょうか？
税務署に納付していたのですから、税務署から還付にならないのでしょうか？
多分、私の考え方のどこかに漏れがあるとは思いますが、このシステムがうまく理解できません。
馬鹿だな、とお思われているかもしれませんが、どうぞ具体的に初心者にわかるように教えてくださるとありがたく思います。

質問者からの補足コメント

• また、年末調整を行わずに通常通りに源泉徴収し、源泉徴収票を発行する。そして従業員には自分で確定申告をしてもらい、従業員本人に源泉税の精算をしてもらうということでも大丈夫なのでしょうか？
  また、その際に事業主から税務署へ何か提出すべき書類などあるのでしょうか？

    補足日時：2017/01/06 11:28

No.4 ベストアンサー 回答者： hinode11 回答日時： 2017/01/06 23:40

＞年末調整を行わずに通常通りに源泉徴収し、源泉徴収票を発行する。

そして従業員には自分で確定申告をしてもらい、従業員本人に源泉税の精算をしてもらうということでも大丈夫なのでしょうか？

これは良くないことです。源泉徴収義務者である事業主は、年末調整をサボってはなりません。

以下、還付の手順を書きます。この手順は、所得税法の施行令と基本通達に依拠します。

先ず、事業主は12月給与で年末調整を行い、従業員に３万円を還付して下さい。税務署に代わって事業主が還付金を立替払いすることになります。なお、12月給与の年末調整で所得税の預り金が発生しないわけですから、１月の源泉所得税の納付額は「ゼロ」ということになります。

次に、１月の給与の源泉徴収額が7,820円とします。これを、本来なら2月10日までに納付するわけですが、立替金が3万円ありますから、それらを相殺すれば納付額は「ゼロ」で済みます。この段階で立替金は、22,180円に減少します。

次に、２月の給与の源泉徴収額が7,820円とします。これを、本来なら3月10日までに納付するわけですが、立替金が22,180円残っていますから、それらを相殺すれば納付額は「ゼロ」で済みます。この段階で立替金は、14,360円に減少します。

３月に入ったら、「源泉所得税及び復興特別所得税の年末調整過納額還付請求書兼残存過納額明細書」を作成し、必要書類を添付して所轄税務署に提出して下さい。立替金14,360円が戻ります。

〔参考〕立替金が多額である場合は、３月を待たずに前記の還付請求書を提出することができます。

No.3 回答者： rirurua 回答日時： 2017/01/06 14:19

No.1さんの方法で税務署から還付されます。

また、No.2さんの言うとおり、事業主が年末調整調整分を負担するのではなく、立て替えるだけです。年末調整は事業主がしなければなりません。

普段は毎月納付書に記入して給与所得税を納付しているようですが、この納付書を使う方法があります。
年末調整後の給料から、普段どおり税額欄に7,820円を記入します。そして、年末調整による超過税額欄に▲がついていますので7,820円を記入します。従って本税、合計額が0円となります。これを30,000円になるまで税務署には納付せず、事業主に立て替えを返していく仕組みです。3ヶ月は納付しなくていいですね。最後の月は▲に30,000−(7,820×3)の額を記入し差額だけ支払います。
ただ、納付額が0円でも控えだけは取って置き、税務署に納付書は提出しなければなりません。

No.2 回答者： mukaiyama 回答日時： 2017/01/06 11:40

＞還付の金額（3万）をなぜお店が支払わないと…

一時的に立て替えるだけです。
追って税務署から給与支払者宛に還付されます。

＞年末調整を行わずに通常通りに源泉徴収し、源泉徴収票を発行する。そして従業員には自分で…

それでは給与支払者としての法的責務を果たしません。
人を使うということは、それならに法的にも社会的にもいろいろな責務がついて回るのです。

No.1 回答者： hayaumepapa 回答日時： 2017/01/06 11:31

＞「源泉所得税及び復興特別所得税の年末調整過納額還付請求書兼残存過納額明細書」を作成し、

＞必要書類を添付して給与の支払者の所轄税務署長に提出し、税務署から還付を受けます。
が正解のようです。
http://www.nta.go.jp/taxanswer/gensen/2675.htm