特定口座・源泉徴収ありの上場株式等の譲渡所得の確定申告によって得る還付金と住民税の追納について

一度質問し、mukaiyam様からベストアンサーをいただいて、解決としてしまったのですが、本来は補足で追加質問としなくてはならなかった続きの質問です。

私は、サラリーマンで給与所得があり、個人事業主としては営業は損失があります。(NPOに寄付を出すために自宅で期間限定の小売業を個人事業主として商っております)


昨年まで青色申告会に所属して、配当金は総合課税で確定申告、特定口座の源泉徴収ありの上場株式の譲渡益は損失が無い年は、申告しないほうがいいとのアドバイスを受けて確定申告はしておりませんでした。

2020年分の確定申告をはじめて自分だけでeTaxで入力したところ、配当金のみを総合課税で申告した自動計算と、配当金を総合課税で、上場株式の譲渡益を分離課税で両方とも申告した場合では、上場株式の譲渡益を分離課税で追加した申告のほうが、還付金額額が3万円程度増えることがわかりました。

mukaiyam様からの回答で、「所得の合計」が「所得控除の合計」を下回る場合、上場株式の譲渡益を分離課税で申告すれば、源泉徴収税額および住民税の一部、または全額が還付される可能性がある、とききましたが、
所得合計　3,781,510 所得控除合計　1,806,518　で所得控除の合計を下回っておりません。

確定申告書の最後まで入力した最終の申告票は現在以下の通りとなっております。

所得合計　3,781,510 所得控除合計　1,806,518
税金の計算（税額控除等）課税される所得金額　空白（0円）
上の(30)に対する税額又は第三表(91)　19,5000
配当控除　129,455
寄附金等特別控除　1,200
差引所得税額 64,354
再差引所得税額（基準所得税額） 64,354
復興特別所得税額 1351
所得税及び復興特別所得税の額 65,696
源泉徴収税額 368,802

申告納税額 -303106

還付される税金 303106

その他
公的年金等以外の合計所得金額 4,415,888
雑所得・一時所得等の源泉徴収税額の合計額 97150

分離課税の収入金額・所得金額
上場株式等の譲渡所得等 634,350
上場株式等に係る配当所得等 28


この上場株式等の譲渡所得等 634,350を申告しない場合は、還付金額が3万円ほど少なく、約27万円になります。
分離課税で申告すると上記の還付金となります。

配当金は総合課税なので住民税が追納となることはないそうですが、上場株式等の譲渡所得等 634,350を分離課税で申告すると、3万円程度、還付金額は増えるものの、この分、住民税に追納される可能性がある、ということでしょうか？

證券会社からの報告の記載には、株式等譲渡所得割額（住民税）　31717とありますが、これはすでに支払われている（5%）、けれども、合計所得金額 4,415,888に対する住民税として、追納される可能性がある、ということでしょうか。。

住民税の計算もよくわからず、追納されるかどうかどなたか教えていただければ幸いです。
3万円還付金が増えても、住民税の追納が還付金を上回るのであれば、場株式等の譲渡所得の確定申告は見合わせたいと思います。

質問者からの補足コメント

• 再度の回答をありがとうございます。
  
  配当金は総合課税にするか申告課税にするかの選択ができるため、総合課税を選択、株式等譲渡の申告画面には、選択が出てこなため、そのまま記載していきましたら、 分離課税の収入金額・所得金額を入れる画面になってそちらにいれており、分離課税にになるようです。
  株式等譲渡益が分離課税の場合も、株式等譲渡益を含む、総所得に対して、住民税の計算がなされるという理解でよろしいのでしょうか？
  
  
  申告課税あり、という
  
  ＞證券会社からの報告の記載には、株式等譲渡所得割額（住民税）　31717とありますが、これはすでに支払われている（5%）…
  
  ＞＞総合課税で申告すれば住民税は 10% に上がりますよ。
  ただしその見返りとして、税額控除としての配当控除 2.8% があります。

  No.1の回答に寄せられた補足コメントです。 補足日時：2021/01/28 15:16

No.1 ベストアンサー 回答者： mukaiyam 回答日時： 2021/01/28 14:30

＞所得合計　3,781,510 所得控除合計　1,806,518　で所得控除の合計を下回っておりません…

話が複雑になるので、ご質問の内容に関係あるかないか不明な「税額控除」について触れませんでした。
失礼しました。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/ …

＞配当金は総合課税なので住民税が追納となることはないそうですが、…

文章の一部を取り出さないでください。
【「所得の合計」が「所得控除の合計」を下回る人は、配当を総合課税で確定申告しても翌年分住民税は還付されても追納となることはありません。】
と書いたでしょう。

＞證券会社からの報告の記載には、株式等譲渡所得割額（住民税）　31717とありますが、これはすでに支払われている（5%）…

総合課税で申告すれば住民税は 10% に上がりますよ。
ただしその見返りとして、税額控除としての配当控除 2.8% があります。
(某市の例)
http://www.city.fukui.lg.jp/kurasi/tax/kojin/koj …

＞配当控除　129,455…

国税の配当控除は 10% なので住民税で 2.8% なら 36,247円。
・5%→10% に増税になる分 31,717
・配当控除で減税になる分 - 36,247
・合計 - 4,530円
配当だけで住民税を計算すれば以上のようになります。

しかし、所得控除も税額控除も国税と住民税では違いますので、お書きのデータだけで確実な判断はできません。
・扶養控除 (国税) 38万 → (住民税) 33万
・配偶者控除 (国税) 38万 → (住民税) 33万
・生命保険料控除 (国税) 最大 4.0万 → (住民税) 最大 2.8万
などなど。

No.3 回答者： ichi_nii_san 回答日時： 2021/01/29 18:44

※この回答は、“締め切られた質問への回答追加”として、2021/01/28 17:20 に回答者の方よりご依頼をいただき、教えて!gooによって代理投稿されたものです。

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株式譲渡益を申告分離課税で申告しても、税率は源泉徴収税率の15%で同じですから、譲渡損がないのであれば還付額は同じになるはずです。
質問者さんのケースで、なぜか還付額に差が出てしまったのかは、以下のように説明できます。

配当のみ総合課税で申告した場合には、所得税額は10万円弱程度になるはずです。（申告書第一表の（31）をご確認ください）
一方、配当控除額は129,455円ありますから、（31）の税額よりも多くなっています。その差の約3万円分が引ききれないということです。

株式譲渡益も申告した場合には、その分が所得税に加算されて、所得税額は195,000円になっています。これなら、配当控除の129,455円が全額控除できます。配当控除分の一部が、株式譲渡益による税額からも控除されるかたちになっているわけです。
したがって、株式譲渡益も申告したほうが所得税に関しては有利です。

一方、住民税の場合にどうするのがいいかは、もう少し詳しいデータがないと何とも言えません。微妙な金額ですしね。

No.2 回答者： mukaiyam 回答日時： 2021/01/28 15:32

＞株式等譲渡の申告画面には、選択が出てこなため…

株の譲渡益は、もともと申告分離課税しかありません。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/ …

＞株式等譲渡益が分離課税の場合も、株式等譲渡益を含む、総所得に対して、住民税の計算がなされる…

別途、「市県民税の申告」をしない限りそうなります。