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ある物質(A)が酵素の働きを抑える濃度について実験してます。酵素の働きを50%抑えたときの(A)の濃度を求めたいと思い、濃度を色々変化させて酵素阻害率をみていますが、グラフにプロットすると直線ではなく2次式になってしまいました。このとき、(1)なるべく直線のところで計算する(2)2次式で求める、のどちらがベターなのでしょうか???

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A 回答 (1件)

こんばんわ。


通常、酵素に対して阻害剤を添加すると、その濃度が高くなるにつれて阻害率は高くなります。
で、このときの阻害剤濃度を対数でx軸に、阻害率をy軸にプロットすると、グラフはシグモイド曲線を描きます。
私が仕事で阻害剤のIC50を求める時は、50%を挟む2点の濃度とその時の阻害率から直線式を作成し、算出しています。
その時の数式は以下の通りです。
IC50=10^(LOG(A/B)*(50-C)/(D-C)+LOG(B))
A:50%を挟む高い濃度
B:50%を挟む低い濃度
C:Bでの阻害率
D:Aでの阻害率
上記数式をエクセルに入れると、計算してくれます。
漠然としていて分かりにくかったらごめんなさい。
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    • 1
この回答へのお礼

有難うございました。とても参考になりました。

お礼日時:2005/05/07 10:15

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QIC50(50%阻害濃度)の出し方についてご教示ください。

IC50(50%阻害濃度)の出し方についてご教示ください。

とある物質の酵素阻害活性を測定しているのですが、
IC50値の出し方がいまいちわかりません。

現在の実験方法はサンプル毎の阻害率を以下のように求めています。
1.酵素、基質、阻害物質を加え反応させて吸光度を測定
 (反応生成物を比色法で測定しています)
2.得られた吸光度から、ブランクを差し引いて阻害率を求める式にあてはめて
 阻害率(%)を出す
 ((対照-サンプル)/対照)×100

という風に行っていました。
なので、阻害物質の濃度をふって(10, 5, 1, 0.5, 0.1, 0.05, 0.01ug/mL)
それぞれの阻害率を求めて、エクセルで検量線を作って
その式に当てはめて50%の値を求めたらよいのかな、と思ったのですが…
普通に散布図にしたら変な形のグラフになってしまいました。
いろいろ調べた結果、IC50を求めるときはx軸が対数のグラフを作るのでしょうか?
そのとき、阻害物質(x軸)の濃度の振り方も異なってくるのでしょうか?
(たとえば10, 5, 2.5, 1.25, 0.625…のほうが良いとか)

正直、数学が苦手でして対数にする意味などはさっぱりです…
どなたか、ご回答よろしくお願いいたします。

IC50(50%阻害濃度)の出し方についてご教示ください。

とある物質の酵素阻害活性を測定しているのですが、
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 (反応生成物を比色法で測定しています)
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 阻害率(%)を出す
 ((対照-サンプル)/対照)×100

という風に行っていました。
なので、阻...続きを読む

Aベストアンサー

どんなグラフなのかわからないのであれですが

とりあえず、貴方の実験も対数でされているので問題無いです(0.01, 0.1, 1, 10, 0.05, 0.5, 5で実験しているので)
今回の実験をリニア(普通の)軸で取ると、一番右端が10になり左端が0.01≒0になります
真ん中が5、左から1/10が1になるので、右半分は殆どデータがなく左側にばかりデータ点が並ぶことになります
しかも、0.01と0.05, 0.1当たりの違いはグラフで書いて理解するのは困難だと思います
ですので、対数軸を使います
対数軸ですと、0.01と0.1が一目盛、0.1と1が一目盛となるのでデータ点が均一に並びます
あとは、10倍では飛びすぎているので、間の点として5を選んだということで、それぞれの間に5x10^nのデータが並びます

データ点はある程度規則的に並んでいた方が良いですが、厳密に取る必要はないです
(リニア軸でいうと1, 1.6, 2, 2.6, 3, 3.6などでも良い)
ですので今回の濃度のままで問題ないと思います

QIC50(50%阻害濃度)の単位について

論文を読んでいて、IC50というものを初めて知ったのですが、
少しわからないことがあるので、質問させていただきます。

IC50の単位として、ng/mlやnMといった単位が使われますが、
これの意味がわかりません。

参考にした文献には、対象となる酵素の量や濃度が書かれておらず、
どのくらいの量の酵素に阻害剤を加え、
50%阻害時のIC50を求めたのかがわからないのです。

ただ、私の考え方が根本から間違っており(たぶん間違ってますが)、
IC50とは、50%阻害時に加えた酵素阻害剤の量/酵素の量なのかなと思うのですが、どうなのでしょう?

つまり、1×1×1cmのセルに酵素を入れ、
そこに阻害剤を加え、50%阻害時の量を分子にして、IC50を求めるのでしょうか?

また、まったく別のことなんですが、
文献中に「chitotriomycin」という言葉がでてくるのですが、
これはキトトリオマイシンと読めばよいのでしょうか?

簡単なことなのかもしれませんが、
上記2点についてよろしくお願いします。

Aベストアンサー

タイトルにも書かれているようにIC50は50%阻害濃度(50% inhibitory concentration)と訳され,概念上はあくまでも「濃度」です。従って単位としてはng/mlやnMのような濃度を表わすものが使用されるのは自然だと思いますがいかがでしょう。
 「50%阻害時に加えた酵素阻害剤の量/酵素の量」だと少なくとも単位上は無名数の値になるのがわかると思います。

 IC50という場合の濃度は系に加えられた阻害剤のバルクの濃度を通常指します。従って酵素や受容体に結合してしまった分を差し引いた真の濃度は通常わかりません。それで酵素の濃度や量を書かないとおかしいのでは,と考えておられるのでしょうか。それであれば確かにそうでして酵素濃度の記載が見られる報告も多くあります。本格的に行なう場合は酵素濃度を振ってそれぞれの条件でIC50を求め,酵素濃度ゼロの時のIC50値を外挿して求めるのがスジかもしれません。
 しかし普通はそこまでしてIC50を求めることはないと思います。というのはIC50は多くの場合理論的には固有値とならない場合がほとんどだからです。例えば阻害剤が拮抗的阻害剤などの場合,測定上必ず基質を加えなければなりません。ところが拮抗的阻害剤は基質を競合的に追い出しますが,見方を逆にすると拮抗的阻害剤は基質により競合的に活性中心から追い出されます(これはレセプターに関した実験でも同様です)。つまり基質の濃度が高ければIC50は高くなり(阻害効果は弱めに出る),低ければ小さい値をとります。採用する基質の濃度が10倍違えれば,IC50も約10倍違ってきます。ということで酵素に結合した量を無視したとしても,IC50は条件に依存した非固有地であることがわかると思います。
 ではちゃんとした値はなにかというと,これは基質ゼロの時に求められるIC50値(50%結合濃度に相当)であり,熱力学的には解離定数となります。解離定数は等温等圧では条件によらない固有値となります。ただ基質濃度ゼロの時にはそもそも酵素反応などはかれませんから,実際にはIC50から特別な式を用いて逆算することになります。
 このように求めたKi値でも酵素に結合した阻害剤の量による誤差は出てきます。したがってきちんとKiを求める場合には先ほど述べたような酵素濃度を振るような方法が行なわれますが,ここまで徹底的に行なうのは稀だと思います。
 ご質問にピンポイントに答えてはいないかもしれませんが,IC50をめぐる背景はご理解いただけたでしょうか?

 chitotriomycinについてはすみませんがよくわかりません。

タイトルにも書かれているようにIC50は50%阻害濃度(50% inhibitory concentration)と訳され,概念上はあくまでも「濃度」です。従って単位としてはng/mlやnMのような濃度を表わすものが使用されるのは自然だと思いますがいかがでしょう。
 「50%阻害時に加えた酵素阻害剤の量/酵素の量」だと少なくとも単位上は無名数の値になるのがわかると思います。

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QIC50について

IC50(50%阻害濃度)についてなんですが、何で50%で評価するんでしょうか?100%や90%阻害濃度では、不都合がありますか?図書館や、ネットで調べてみたんですけど、なぜ50%なのかがわかりません。どなたか教えて下さい。

Aベストアンサー

一般に、濃度に対する効果の曲線は、シグモイドと呼ばれる形に近くなることが多いようです。(阻害に限らず、薬効や毒性なども)

すると、横軸に濃度、縦軸に効果を取ったグラフの場合、50%付近の効果が
現れる付近で、傾きが最も高くなります。
したがって、45%阻害、50%阻害も、55%阻害というように、多少ぶれても、
濃度軸で見た場合の誤差は少なくなります。
一方、もし90%で評価しようとすると、傾きが小さくなっているため、
85%阻害、90%阻害、95%阻害では、その時の濃度の差は非常に大きく
なってしまい、大きな誤差を生み出してしまいます。
これだけが理由というわけではないでしょうが。

Qエクセルでのシグモイドのカーブフィット

エクセル2000を使用しています。
あるデータを散布図にしたところシグモイドであることがわかりました。
カーブフィットして,式を出したいのですがどうすればいいのかわかりません。
シグモイドの関数はわかっているので係数が出せればいのですが,やり方がわからず困っています。
どうかよろしくお願いします。

Aベストアンサー

シグモイド関数というのは、
f(x)=1/(1+exp(-x))
というものでしょうか?

Y=AX+B という形で

Y=f(x)
X=1/(1+EXP(-x))
とおいて
エクセルの分析ツールの回帰分析で求められませんか?

はずしていたらごめんなさい

Qエクセル STDEVとSTDEVPの違い

エクセルの統計関数で標準偏差を求める時、STDEVとSTDEVPがあります。両者の違いが良くわかりません。
宜しかったら、恐縮ですが、以下の具体例で、『噛み砕いて』教えて下さい。
(例)
セルA1~A13に1~13の数字を入力、平均値=7、STDEVでは3.89444、STDEVPでは3.741657となります。
また、平均値7と各数字の差を取り、それを2乗し、総和を取る(182)、これをデータの個数13で割る(14)、この平方根を取ると3.741657となります。
では、STDEVとSTDEVPの違いは何なのでしょうか?統計のことは疎く、お手数ですが、サルにもわかるようご教授頂きたく、お願い致します。

Aベストアンサー

データが母集団そのものからとったか、標本データかで違います。また母集団そのものだったとしても(例えばクラス全員というような)、その背景にさらならる母集団(例えば学年全体)を想定して比較するような時もありますので、その場合は標本となります。
で標本データの時はSTDEVを使って、母集団の時はSTDEVPをつかうことになります。
公式の違いは分母がn-1(STDEV)かn(STDEVP)かの違いしかありません。まぁ感覚的に理解するなら、分母がn-1になるということはそれだけ結果が大きくなるわけで、つまりそれだけのりしろを多くもって推測に当たるというようなことになります。
AとBの違いがあるかないかという推測をする時、通常は標本同士の検証になるわけですので、偏差を余裕をもってわざとちょっと大きめに見るということで、それだけ確証の度合いを上げるというわけです。

Qエクセルで片対数グラフを作る

エクセルで片対数グラフを作る方法を詳しく教えてください。お願いします。

Aベストアンサー

グラフの数値軸のところで右クリックして
軸の書式設定(O)→目盛(タブ名)

対数目盛を表示する(L)
にチェックを入れてください。

Q50%阻害濃度について

 こんにちわ。初めて投稿します。
 バイオ関係の論文(gene deliveryについて)を読んでいるのですが、IC50という言葉が出てきました。luciferase遺伝子をもつプラスミドをデリバリーポリマーに内包させ、BHK-21というセルに加えたという話なのですが、MTT(?)という物質を加えて生育状況を見た、と書いてあります。
 私は化学初心者でバイオにも疎く、このIC50の意味がわかりません。化学大辞典なども調べましたが、見当たりませんでした。何が50%で、何が阻害されるのか教えてください。できれば、MTT assayについても教えていただければ幸いです。

Aベストアンサー

MiJunです。
やはり、ポリマーを添加して培養しているのですね?

対照は「untransfected cells」のようですね?

>セルにプラスミドを添加して一定時間放置した後、MTTアッセイによりセルの数を定量した、ということなのでしょうか?

Original paperを見てないのとプラスミドのtransfectの手法が分からないので推測ですが・・・・。
恐らくtransfectする際に各種のポリマー添加した場合に、添加ポリマーの毒性(?)(あるいはtransfectの手法?)で死滅する細胞があるのでしょう・・・?

その死滅細胞(残存細胞:cell survival)を見ていると思います。その残存細胞の割合をMTT assayで評価しているのではないでしょうか・・・?

補足お願いします。

Qエクセルで計算すると2.43E-19などと表示される。Eとは何ですか?

よろしくお願いします。
エクセルの回帰分析をすると有意水準で2.43E-19などと表示されますが
Eとは何でしょうか?

また、回帰分析の数字の意味が良く分からないのですが、
皆さんは独学されましたか?それとも講座などをうけたのでしょうか?

回帰分析でR2(決定係数)しかみていないのですが
どうすれば回帰分析が分かるようになるのでしょうか?
本を読んだのですがいまいち難しくて分かりません。
教えてください。
よろしくお願いします。

Aベストアンサー

★回答
・最初に『回帰分析』をここで説明するのは少し大変なので『E』のみ説明します。
・回答者 No.1 ~ No.3 さんと同じく『指数表記』の『Exponent』ですよ。
・『指数』って分かりますか?
・10→1.0E+1(1.0×10の1乗)→×10倍
・100→1.0E+2(1.0×10の2乗)→×100倍
・1000→1.0E+3(1.0×10の3乗)→×1000倍
・0.1→1.0E-1(1.0×1/10の1乗)→×1/10倍→÷10
・0.01→1.0E-2(1.0×1/10の2乗)→×1/100倍→÷100
・0.001→1.0E-3(1.0×1/10の3乗)→×1/1000倍→÷1000
・になります。ようするに 10 を n 乗すると元の数字になるための指数表記のことですよ。
・よって、『2.43E-19』とは?
 2.43×1/(10の19乗)で、
 2.43×1/10000000000000000000となり、
 2.43×0.0000000000000000001だから、
 0.000000000000000000243という数値を意味します。

補足:
・E+数値は 10、100、1000 という大きい数を表します。
・E-数値は 0.1、0.01、0.001 という小さい数を表します。
・数学では『2.43×10』の次に、小さい数字で上に『19』と表示します。→http://ja.wikipedia.org/wiki/%E6%8C%87%E6%95%B0%E8%A1%A8%E8%A8%98
・最後に『回帰分析』とは何?下の『参考URL』をどうぞ。→『数学』カテゴリで質問してみては?

参考URL:http://ja.wikipedia.org/wiki/%E5%9B%9E%E5%B8%B0%E5%88%86%E6%9E%90

★回答
・最初に『回帰分析』をここで説明するのは少し大変なので『E』のみ説明します。
・回答者 No.1 ~ No.3 さんと同じく『指数表記』の『Exponent』ですよ。
・『指数』って分かりますか?
・10→1.0E+1(1.0×10の1乗)→×10倍
・100→1.0E+2(1.0×10の2乗)→×100倍
・1000→1.0E+3(1.0×10の3乗)→×1000倍
・0.1→1.0E-1(1.0×1/10の1乗)→×1/10倍→÷10
・0.01→1.0E-2(1.0×1/10の2乗)→×1/100倍→÷100
・0.001→1.0E-3(1.0×1/10の3乗)→×1/1000倍→÷1000
・になります。ようするに 10 を n 乗すると元の数字になるた...続きを読む

Q相関係数についてくるP値とは何ですか?

相関係数についてくるP値の意味がわかりません。

r=0.90 (P<0.001)

P=0.05で相関がない

という表現は何を意味しているのでしょうか?
またMS Excelを使ってのP値の計算方法を教えてください。

よろしくお願い致します。

Aベストアンサー

pは確率(probability)のpです。全く相関のない数字を組み合わせたときにそのr値が出る確率をあらわしています。

統計・確率には100%言い切れることはまずありません。というか100%言い切れるのなら統計・確率を使う必要は有りません。
例えばサイコロを5回振って全て同じ目が出る確率は0.08%です。そんな時、そのサイコロを不良品(イカサマ?)と結論つけるとわずかに間違っている可能性が残っています。ただ、それが5%以下ならp=0.05でそのサイコロは正常ではないと結論付けます。
それが危険率です。(この場合はp=0.1%でもいいと思いますが)
相関係数においても相関の有無を結論つけるにはそのrが偶然出る確率を出すか、5%の確率ならrがどれぐらいの値が出るかを知っておく必要が有ります。

>r=0.90 (P<0.001)

相関係数は0.90と計算された。相関がないのに偶然r=0.90 となる確率は0.001以下だと言ってます。

>P=0.05で相関がない

相関がないと結論。(間違っている確率は5%以下)だと言ってます。

エクセルでの計算ですが、まず関数CORRELを使ってr値を出します。xデータがA1からA10に、yデータがB1からB10に入っているとして

r=CORREL(A1:A10,B1:B10)

次にそのr値をt値に変換します。

t=r*(n-2)^0.5/(1-r^2)^0.5

ここでnは組みデータの数です。((x1,y1),(x2,y2),・・・(xn,yn))
最後に関数TDISTで確率に変換します。両側です。

p=TDIST(t値,n-2,2)

もっと簡単な方法があるかも知れませんが、私ならこう計算します。(アドインの分析ツールを使う以外は)

pは確率(probability)のpです。全く相関のない数字を組み合わせたときにそのr値が出る確率をあらわしています。

統計・確率には100%言い切れることはまずありません。というか100%言い切れるのなら統計・確率を使う必要は有りません。
例えばサイコロを5回振って全て同じ目が出る確率は0.08%です。そんな時、そのサイコロを不良品(イカサマ?)と結論つけるとわずかに間違っている可能性が残っています。ただ、それが5%以下ならp=0.05でそのサイコロは正常ではないと結論付けます。
それが危険率です。(この場...続きを読む

QKm値について

Km値について

Km値は基質に対する酵素の親和性だと習いました。
Km値が大きくなるほど、親和性が上がるということでしょうか。
ミカエリスメンテンのグラフからはKm値が小さくなるほうが、親和性が上がる気がするのですが。

わかる方、回答よろしくお願いいたします。

Aベストアンサー

>>Km値が大きくなるほど、親和性が上がるということでしょうか。

逆です。
ミカエリス定数はV=(Vmax・C)/(Km + C)で表されます。(Vは反応速度、Vmaxは最大反応速度、Cは基質濃度)

ミカエリス定数Kmが大きいと、分母が大きくなり、反応速度Vは小さくなります。

反応速度が小さいと言うことは、基質との親和性が小さいということを意味します。


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