委託費の消費税について。。。

どなたかわかる方教えてください。
ある自治体の職員です。年度毎に関係団体に事業を委託して概算で支払しており、現在、精算報告を受けて支出実績の内容をチェックしているところです。
団体によって二通りの報告があり、どちらが正しいのか判断できなくて困っています。
一つは、人件費などの課税されないものを除いて消費税を計算し報告されているパターンと、もう一つは、人件費等も含めて（事業全体としてという意味？）消費税を計算し報告されているパターンです。
これらの契約書や要綱には消費税について特に設けられていないもので。。
私自身がまったく税金等について無知なもので（←言い訳）、質問の仕方もうまくなくて恐縮ですが、どなたか詳しい方のお力をお貸しいただきたいと思っています。

No.1 ベストアンサー 回答者： mukaiyama 回答日時： 2006/04/18 21:10

＞一つは、人件費などの課税されないものを除いて…

人件費が非課税となるのは、雇用関係にあり、「給与」を支払っている場合です。
たとえば、10万円のパソコンを買ったとしましょう。そのパソコンの原価は、材料費や運送費、工場の電気料その他経費、さらに卸問屋や小売店のマージンなどいろいろありますが、工場従業員の人件費も含まれているはずです。
10万円の売値のうち、製造に携わる人の人件費分は消費税がかからないなどということはありません。

＞一つは、人件費等も含めて（事業全体としてという意味？）消費税を…

こちらが正解です。
あなたが、いや自治体の長が、業務を委託する関係団体の職員を、一時的にでも雇用しているわけではありませんね。
一方、関係団体でなく、自治体の職員にその業務をさせる場合は、人件費は通常の給与のうちですから、消費税はついて回りません。

No.2 回答者： zorro 回答日時： 2006/04/18 21:11

団体が法人格を持っている場合には、税込み経理方法と税抜経理方法があります。

どちらも正解です。

No.3 回答者： mukaiyama 回答日時： 2006/04/19 08:01

#1です。

もう一つ考えられることとして、その請求者が免税事業者の場合、仕入れにかかる分だけ消費税を転嫁していることもあります。
もちろん、免税事業者といえども、消費税は請求額まるごとに 5%を転嫁してよいのですが、サービスのつもりで仕入れ分だけにしているでしょう。

いずれにしても、支払い側としては、請求書に消費税が含まれていようが含まれていまいが、請求額どおりを支払えばよいのです。

その上で、支払者が課税事業者の場合、支払った額は全額「課税仕入」となります。
たとえば、請求書に消費税が 2%分しか書かれていず、そのとおりにしか支払わなかったとしても、支払額の 105分の5 は消費税であるという解釈になります。