No.1ベストアンサー
- 回答日時:
ATOM 35 CA SER 3 -0.517 14.730 0.086 1.00 0.00
PDBファイルの一行(一つの原子)はこんな感じです。
6-8列目がx,y,z座標ですので、
二つの原子の座標をx1,y1,z1,x2,y2,z2とすれば、
距離の公式
sqrt( (x1-x2)^2 + (y1-y2)^2 + (z1-z2)^2 )
で求まります。
アミノ酸は多数の原子からなりますので、
アミノ酸間の距離の定義の仕方はいろいろだと思いますが、CAできめるとか、最短の原子ペアの距離を選ぶのが普通でしょう。
この回答への補足
ありがとうございます。
数字まで出せたのですが、単位で引っかかりました。
このxyz軸の一単位は、オングストロームでよいのでしょうか?
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