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DNAは実験終了後室温、実験台で放置しておくと
どれくらいで駄目になりますか?
ずっと室温でおいているのですが、
全然使えるのですが。

DNA自体安定な物質なので簡単に壊れる物ではないと思うのですが。
4℃でほぞんしなければいけないのですか。

gooドクター

A 回答 (7件)

 室温でも簡単には壊れないと思いますが、冷蔵庫か冷凍庫に保管したほうが良いです。


 なぜか、
 DNaseのコンタミ、カビのコンタミ(nucleaseを作る)などがあった場合、室温だと、どんどんDNAが壊れてしまいますが、低温だとそのリスクが低減できます。また、室温だと、水分が蒸発して、濃度が変わるかもしれません。
 いままで、問題なくても、明日、DNAは壊れているかもしれません。少しでも、DNAが壊れるリスクにはさらさないほうが良いです。
 私は、フリーザーに保存しています。
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生物学は専門外なのですが、takes87さんのコメントは、亜鉛やマグネシウムのカチオンがルイス酸として働き、加水分解を促進することを示唆されておられるのではないか、と思います。

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理論的にはH2Oしかない状態であればDNAのホスホジエステル結合の加水分解の半減期は室温でたしか数千年~数万年ぐらいあったと思います。

ただ金属イオン、特に2価の金属イオンがちょっとでも入ったりすると種類にもよりますがものの数時間で分解することもあります。マグネシウム、亜鉛などが強敵ですね。それ以外にDNaseが入れば当然壊れます。金属イオンは空気中でもほんのわずかなほこりと一緒に入ることがあるので今まで壊れなかったのは運が良かったという可能性もあります。

TEはエチレンジアミン四酢酸が金属イオンをマスクするのでこれに溶かすことによってちょっと金属イオンが入っても非常に分解しにくくなりますが、どうしても遊離の金属イオンは出来るので分解することもあります。DNaseも活性中心はマグネシウムなのでTEで活性を抑えることが出来ます。

あとDNAは光でも塩基部分が壊れます。チミンダイマーをつくるのがその例です。もしいままで室温で遮光もされていない状態で保管していて壊れなかったのであれば配列が光では壊されにくい配列だったということもありますね。やはりすべてのDNA配列が実験台で放置して安定ということはないです。

基本的に温度を下げれば金属イオンが存在していても加水分解反応は非常に進行しにくくなるので、4℃、もしくはそれ以下で保存することをお勧めします。
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この回答へのお礼

数日放置していても壊れたことがないんですが。
いったん貴重なサンプルが壊れると
4℃に保存するんでしょうね。
光でも駄目なんですね。

お礼日時:2006/09/28 20:12

TEで数時間ならともかく、DWで長時間放置した経験は無いので、正直その点についてはわかりません。

ただDWの場合も疑うべきは酵素による分解かな?とは思っています。
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この回答へのお礼

基本的にTEで保存しています。
PCR産物はDW(滅菌水)なので分解しやすいでしょう。
TEで何日も放置していますが、
全然大丈夫ですが。

お礼日時:2006/09/28 20:08

乾燥状態で安定なだけで、液体だと結構ダメージくると私は感じているのですがどうなのでしょうか。



DNAをTEバッファーで希釈するとけっこう長持ちしますが、DW(pH5くらいですよね)で希釈すると、DNA自体が酸性なのに、さらに溶液が酸性に傾いて、分解されるみたいです。

リアルタイムPCRでDWとTEバッファーで希釈したサンプルのぶっ壊れ度を見ることができるのですが、以前サンプルをDWで希釈していた時には、実験のグラフがガタガタになったことがあります。

ターゲットの遺伝子が沢山ある場合には、その保存法でも使えるとは思うのですが、確実にターゲットの数は減っていると思いますよ。
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メリットはまったく関係ありません。

→メリットはまったくありません。
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プラスミドなんかだと結構持つと思いますが、室温保管のメリットはまったく関係ありません。

それに溶媒にもよります。
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この回答へのお礼

プラスミドをTEで保存しています。
水だとDNaseですぐ壊れそうですね。

お礼日時:2006/09/28 20:10

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